A Quinta das Cruzes situa-se numa zona privilegiada da cidade do Funchal, à Calçada do Pico, abaixo da Fortaleza de São João Baptista (datada do século XVII), e paredes meias com o Convento de Santa Clara (datado do século XVI).
Enquanto espaço amuralhado, no contexto de uma malha urbana histórica e qualificada, é por definição uma Quinta Madeirense, constituída por casa de moradia, capela, casinhas de prazer e parque ajardinado.
A primitiva casa figura como residência de João Gonçalves Zarco, 1.º capitão donatário do Funchal. Essa modesta moradia foi, posteriormente, ampliada pelo seu filho, João Gonçalves da Câmara, que terá aproveitado os mestres que trabalhavam na construção da igreja do Convento de Santa Clara, mandada erigir também sob os seus auspícios.
A Quinta permaneceu como residência da família Câmara até ao século XVII, altura em que entra na posse de outra distinta família madeirense – os Lomelino. A origem desta família recua a Urbano Lomelino, comerciante de origem genovesa, cuja presença na Ilha é datada de 1476.
Ao longo da permanência da família Lomelino, a Quinta das Cruzes sofreu grandes alterações, nomeadamente com a construção da arcaria da fachada principal, a edificação da Capela dedicada a Nossa Senhora da Piedade e, posteriormente, o corpo predominante do edifício principal.
Este espaço permaneceu como residência dos Lomelino durante cerca de duzentos anos, até ao final do século XIX. É no decorrer desta centúria que os jardins adquirem o aspecto que ainda hoje se pode observar com caminhos empedrados e fontes em pedra de fajôco, numa concepção Romântica dos espaços ajardinados.
Mais recentemente, no século XX, a moradia foi sujeita a várias vicissitudes, resultado de novas funcionalidades e formas de ocupação, e reflexo também de importantes transformações económicas da sociedade insular: foi sede da Banda Filarmónica do Funchal (1929-33), consultório médico e fábrica de bordados (1945-48?), indústria relacionada com a família Miguéis, a última proprietária da Quinta das Cruzes.