As colecções que integram o acervo do Museu Quinta das Cruzes são constituídas maioritariamente, por bens de natureza artística - Artes Decorativas - ainda que existam pequenos núcleos de objectos arqueológicos e etnográficos.
Estas colecções, abrangem núcleos tão diversos como a Pintura, a Escultura, a Cerâmica, Desenhos e Gravuras, Mobiliário, etc, que se situam cronologicamente entre os séculos XV e a 1.ª metade do século XX, abrangendo toda a produção europeia e oriental, com destaque para a produção portuguesa.
Mas também encontramos outros núcleos menos comuns, como o núcleo de Glíptica, que agrupa peças que remontam ao século III a.C.; e ainda o núcleo Escultórico que se encontra disperso no jardim e que integra elementos arquitectónicos e funerários, das mais diversas proveniências, mas sobretudo de igrejas, conventos e edifícios públicos, alguns dos quais edificados nos finais do século XV.